Die gehören zwischen GND (= Masse) und VCC (hier 5V). Polung ist egal, wichtig ist aber, dass sie (auf dem Board) so nah wie möglich an den jeweiligen Versorgungsanschlüssen der Chips plaziert werden. Und jeder IC sollte so einen sogenannten "Abblockkondensator" bekommen. Der sorgt dafür, dass hochfrequente Störungen aus dem IC (z.B. beim Atmel die Taktfrequenz) nicht auf die Versorgungsspannung gelangen und andere Chips stören. Die sollte man immer vorsehen (kosten ja auch so gut wie nichts, z.B. Reichelt "KERKO 100N" für 5 Cent pro Stück.
Die Masseführung ist wegen dem Autorouter leider auch nicht gut gelungen. Wenn man von Hand routet, macht man das eigentlich so, dass man zunächst versucht, die Bauteile so zu positionionieren, dass sich die Luftlinien möglichst wenig kreuzen. Anschließend routet man zunächst die Masse (GND) und die Versorgungsspannung (VCC), dann die empfindlichen Leiterzüge (z.B. die Zuleitungen vom Quarz und den Stützkondensatoren). Hier wäre es bei dir auch besser, den Quarz an C4 nicht so umständlich anzuschließen (quer durch IC4 auf dem Board), sondern direkt (auf dem Top Layer). Dort muss man versuchen, die Leiterbahnen möglichst kurz zu halten.
Wenn die Sachen geroutet sind, kann man sich den restlichen Verbindungen widmen.
Sehr schlecht ist im Übrigen auch (wie ich grade sehe), dass du das (analoge!!) Signal vom 4051 quer über die Platine, unter dem Quarz durch an den AD-Wandler anschließt. Hier wäre es besser gewesen, die ICs (AD-Wandler und 4051) möglichst eng zueinander und möglichst weg von Taktsignalen (Trennung von digitalen Schaltungsteilen und analogen Schaltungsteilen) zu platzieren. Wobei das wahrscheinlich trotzdem funktionieren wird.
Viele Grüße
Steffen
PS: Tut mir leid, dass ich soviel "rummeckere". 