Ich habe die Anleitung gerade noch 2x überflogen und kein passendes Kapitel gefunden. Erst der Suchbegriff "Reset" führte zum Ziel - denn der Absatz ist unter "Inbetriebnahme" versteckt. Da ich die ja schon längst hinter mir hatte (es funktioniert ja alles), habe ich da nicht (mehr) gesucht. 
Sollte sich das Interface nicht als ATMEL device melden oder will man eine neue
Software aufspielen, so muss man die interne Bootloader Software wie folgt starten:
Zum Vorbereiten des Interfaces sind zwei Jumper zu setzen: JP3 und die Pins 5 & 6
von JP2 sind zu stecken (ISP Stecker Reset und Masse).
Nachdem man das Interface an den PC angeschlossen hat, muss man den Jumper JP2
entfernen. Daraufhin sollte sich das Interface als ATMEL Device melden.
Was/wo JP2 und JP3 sind, ist allerdings auch dort nicht beschrieben, auf der Platine ist es ebenfalls nicht markiert... Im Schaltplan kann man dann JP2 und JP3 finden, bei JP2 muss man aber dann das dazu passende Gegenstück auf der Platine noch in sofern analysieren, dass man die Richtung raus findet, in der es auf der Platine ist. Immerhin gibt es bis zu 4 Möglichkeiten, diesen 6-Pin-Header auf die Platine zu bringen ("normal", um 180° drehen, spiegelverkehrt/von unten gesehen, letzteres nochmal um 180° gedreht).
Für JP3 muss man dagegen wohl entweder im Datenblatt des ATmega32U4 nachschlagen oder raten - ich schätze mal, dass die beiden laut Anleitung unbestückten Lötaugen über dem µC dafür da sind. Oder sind das nur Durchkontaktierungen? Oder für die unbestückte/nicht benötigte Erweiterung?
Was man zusammenfassend sagen kann: JP2 und JP3 sollten vielleicht auch mal im Handbuch dokumentiert werden 
Da bei mir die passende Firmware offenbar läuft, werde ich mich da erstmal nicht wieder drum kümmern. Vielleicht gibt es bis zu einem (eventuellen) Firmwareupdate ja dann auch eine Dokumentation des Updates. Ansonsten kann ich mich dann nochmal in Ruhe mit Datenblatt und Multimeter da ran setzen, um die Stellen auf der Platine passen zum Schaltplan wieder zu finden