Tach,
vergiss' die Firmware, die kannst Du ignorieren. Der Code-Generator erzeugt nach Eingabe der gewünschten Seriennummer eine Datei mit der Endung .hex, die man mit PonyProg öffnet. Normalerweise ist bereits der richtige Controller eingestellt (AVR micro, ATmega 8515). Zum beschreiben gehst Du auf "Command" und "Write all".
Versuch' mal, die Fusebits auszulesen. Wenn das beim fabrikneuen(!) Atmega schon nicht funktioniert, ist irgendwas faul mit dem Adapter.