Hi!
OK, dann ist das kein Programmfehler, das hätte uns überrascht. 
Aber es ist, wie JPK schreibt, einer der Gründe warum es die 3er-Version gibt. Und die 2er-Reihe wird auch nicht mehr gewartet, da wird es keine Änderungen mehr geben. Unter anderem weil die Entwicklungsumgebung dafür nicht mal mehr in Verwendung ist.
Außerdem kann das Programm nicht wissen was Du haben willst und was nicht.
Du kannst theoretisch den Button "All" über der Geräteliste drücken (neben den "Store" und "Recall" Knöpfen). Dann werden immer alle Kanäle gespeichert.
ABER das hat blöde Nebenwirkungen. Angenommen Du hast 8 Scheinwerfer (4 links und 4 rechts stehen) und willst, dass sie unterschiedliche Lauflichter ausgeben. Links zum Beispiel 3 verschiedene und rechts 2 verschiedene. Dann geht natürlich nicht, dass man alles zusammen speichert, Du musst mit Gruppen arbeiten.
Es ist zwar für die Version 3 geschrieben, gilt aber eigentlich allgemein sogar für andere Software oder Pulte. Lies dir mal den Artikel im Wiki durch:
Tracking (Cuelist) DMXC3 – Deutsches DMXC-Wiki
Dann verstehst Du vielleicht nochmal besser warum beide Systeme (mit und ohne Tracking) sinnvoll sind. Und Du merkst warum Du glaubst, dass Werte gespeichert werden die Du nicht markiert hast obwohl sie es gar nicht sind. 
Alles ein bisschen Hintergrundwissen zu Lichttechnik das einem nicht so schnell klar wird. Keine Angst, da bist nicht nur Du schon drüber gestolpert.
Hoc